運行管護是高標準農田水利工程建設當中必不可少的，即使農田水利工程建設質量再高，如果沒有正確、合理的管護，必然會面臨迅速破敗的境地，因此做好對農田水利工程的運行和管護非常重要。在這一環節當中，首先，政府部門要加大對農田水利工程的扶持力度，制定出科學、合理的運行管護定額和管護費用籌措辦法；其次，盡快制定出符合農田水利建設實際情況的農田水利相關條例，條例當中要明確各級政府及廣大群眾對農田水利工程的責任及義務，對于農田水利工程的投入、管理及運行維護機制進行制定；再次，落實農民在農田水利工程當中的主體地位，調動起農民群眾對農田水利工程的管理與維護積極性，實現對農田水利工程建設產權的改革。